这一回，聪明勇敢的卡门（阿丽夏潘娜维加AlexaPenaVega饰）遭遇到了前所未有的危机，她的精神被一位疯狂的玩具制造商（西尔维斯特史泰龙SylvesterStallone饰）困在了他一手制造的虚拟游戏世界中。为了救出卡门，朱尼（达里尔沙巴拉DarylSabara饰）英勇的挺身而出，他加入了一个以攻略此游戏为目标而组建的游戏测试小组之中，这里汇聚了很多和他一样厉害的孩子们。进入了虚拟的世界，朱尼不仅要面对游戏中一个又一个古怪而又艰巨的关卡任务，更得时时留意幕后黑手玩具制造商所分裂出来的五种迥然不同的人格。最终，在祖父（里卡多蒙特尔班RicardoMontalban饰）和朋友们的帮助下，朱尼是否能够战胜强大的对手，救回卡门呢？《特工少年3D：游戏结束》公映，2004-01影厅门口，每个观众将领到一副特别的一次性纸框眼镜，两只镜片颜色各异，戴上它后就能看到小特工朱尼在赌命游戏中的立体影像。朱尼受命进入虚拟的游戏世界，不但要救出执行任务被困的姐姐卡门，还得粉碎游戏设计者卡西亚的阴谋，结束这个让孩子们上瘾的游戏，拯救世界。随着朱尼进入和走出虚拟世界，银幕上会出现“戴上眼镜”和“摘下眼镜”的提示。老牌动作片明星西尔维斯特史泰隆在片中饰演“玩具制造者”、一位嗜求权力的恶棍；他想通过游戏控制住全世界的年轻人。朱尼只有一级一级地通过格斗、赛车、在熔岩上冲浪等高难度的游戏环节，方能战胜这个恶棍。影片弘扬了以家庭为主体的思维理念，把传统的思想和新锐游戏嫁接到影片之中，看后会让你的童心得到苏醒与强化。片中还有一大群成年明星为这些“特工少年”担任配角，安东尼奥班德拉斯和卡拉古奇诺再度出演他们的双亲，里卡多蒙塔尔班扮演小特工们的祖父，乔治克鲁尼饰演没露几次面的美国总统，《杀人三步曲》中的美女萨尔玛海耶克饰演一直在场外指挥的特工组织首领。